Paquet : mmmulti (0.1-3)

multimap pris en charge en mémoire

Ce paquet met en œuvre des conteneurs « multimap » stockés en mémoire destinés à une utilisation quand :

 – les clés sont des entiers ou peuvent être mappées à une plage dense
   d’entiers ;
 – le fichier mappé en mémoire est sur un stockage rapide, tel qu’un SSD
   (bien que ce ne soit pas obligatoire) ;
 – les valeurs sont arbitraires et de taille fixe (par exemple, des
   structures ou autres POD) et peuvent être triées ;
 – des mises à jour dynamiques de la table ne sont pas nécessaires ;
 – une insuffisance de mémoire est probable en cas d’utilisation d’un
   mappage traditionnel ou d’une table de hachage ;
 – il est possible de gérer approximativement un bit par enregistrement
   dans la RAM.

Cela peut sembler très spécifique, mais beaucoup de problèmes peuvent être mappés dans un ensemble d’entiers dense. mmmulti::map a été développé en premier comme structure de données pour prendre en charge seqwish qui l’utilise pour générer des graphes précis de variations pour des alignements par paires entre des collections de séquences. Comme ce multimap forme le noyau de traitement de clés dans l’algorithme, il peut s’étendre à des tailles de problème extrêmement larges, limitées seulement par l’espace disque disponible. Bien que les performances soient plus lentes que dans une structure « en mémoire », c’est virtuellement garanti qu’il peut finir complètement le calcul.

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