Paquet : last-align (1642-1)

Liens pour last-align

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source last-align :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [gitlab.com]

Paquets similaires :

comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

LAST est un logiciel permettant de comparer et aligner des séquences, typiquement des séquences d'ADN ou de protéines. LAST est similaire à BLAST, mais il s'en sort mieux avec les grandes quantités de données de séquences. Voici deux choses pour lesquelles LAST est bon :

 - la comparaison de grands génomes (ceux de mammifères par exemple) ;
 - la mise en correspondance de nombreuses étiquettes de séquences avec un
    génome.

La principale innovation technique vient du fait que LAST trouve les correspondances initiales en se basant sur leur multiplicité au lieu d'utiliser une taille fixe (par exemple, BLAST utilise des 10-mers). Cela permet de faire correspondre des étiquettes aux génomes sans masques répétitifs, sans être débordé par les correspondances répétitives. Pour trouver ces correspondances de tailles variables, il utilise un tableau de suffixes inspiré de Vmatch. Afin d'avoir une grande sensibilité, LAST utilise a tableau de suffixes non contigu, similaires aux seeds espacées.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rôle: Programme

Autres paquets associés à last-align

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non riscv64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

rec: parallel

build and execute command lines from standard input in parallel
rec: python3-pil

Python Imaging Library (Python3)

Télécharger last-align

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 780,8 ko	15 137,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	705,3 ko	2 400,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	795,7 ko	2 977,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	761,7 ko	2 009,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	834,1 ko	2 808,0 ko	[liste des fichiers]