Paquet : kleborate (2.4.1-5)

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Paquets similaires :

outil pour filtrer des assemblages de génome de klebsiella

Kleborate est un outil pour filtrer les assemblages de génome de klebsiella pour :

 – des types de séquence MLST ;
 – des espèces (par exemple,  K. pneumoniae, K. quasipneumoniae,
   K. variicola, etc.) ;
 – des loci ICEKp associés à la virulence : yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb) ;
 – des loci associés à des plasmides de virulence : salmochelin (iro),
   aerobactin (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2) ;
 – des gènes de résistance antimicrobienne, dont les SNP de résistance
   à la quinolone et les troncations de résistance à la colistine ;
 – prédiction de serovar d’antigène K (capsule) et O (LPS) à l’aide
   d’allèles et Kaptive.

Autres paquets associés à kleborate

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: kaptive

obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
dep: kaptive-data

données de référence pour Kaptive pour l’assemblage de génome de Klebsielles
dep: mash

estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash
dep: ncbi-blast+

suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
dep: python3-biopython

bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
dep: python3-pkg-resources

découverte de paquets et accès aux ressources avec pkg_resources

Télécharger kleborate

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	7 559,6 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	7 559,6 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	7 559,6 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	7 559,6 ko	62 170,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	7 558,5 ko	62 001,0 ko	[liste des fichiers]