Paquet : jellyfish1 (1.1.11-10)

comptage de k-mères de séquences d’ADN

JELLYFISH est un outil pour un comptage rapide, peu gourmand en mémoire, de k-mères d’ADN. Un k-mère est une sous-chaine de longueur k, et le comptage des occurrences de toutes ces sortes de sous-chaines est une étape centrale dans beaucoup d’analyses d’ADN. JELLYFISH peut compter les k-mères en utilisant un ordre de grandeur moindre de mémoire et un ordre de grandeur de rapidité plus important que ceux des autres paquets de comptage de k-mères en utilisant un encodage efficace de table de hachage et en exploitant l’instruction de CPU « compare-and-swap » pour accroître le parallélisme.

JELLYFISH est un programme en ligne de commande qui lit les fichiers FASTA et multi-FASTA contenant des séquences d’ADN. Il produit les comptages de k-mères dans un format binaire pouvant être traduit dans un format textuel lisible humainement en utilisant la commande « jellyfish dump ».

Il s’agit de la dernière version de la série 1.x de jellyfish qui est utilisée par quelques autres applications qui ne sont pas compatibles avec la version 2.x qui est fournie dans le paquet jellyfish.

Cette page est uniquement disponible dans les langues suivantes (Comment configurer la langue par défaut du document) :