toutes les options
buster  ]
[ Paquet source : python-freecontact  ]

Paquet : python-freecontact (1.1-4)

Liens pour python-freecontact

Screenshot

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source python-freecontact :

Responsables :

Ressources externes :

Paquets similaires :

fast protein contact predictor - binding for Python

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Python binding.

Autres paquets associés à python-freecontact

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • enhances

Télécharger python-freecontact

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
amd64 79,7 ko173,0 ko [liste des fichiers]
arm64 77,9 ko177,0 ko [liste des fichiers]
armel 75,9 ko160,0 ko [liste des fichiers]
armhf 75,6 ko140,0 ko [liste des fichiers]
i386 81,5 ko172,0 ko [liste des fichiers]
mips 77,2 ko181,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 77,9 ko191,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 77,8 ko181,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 81,4 ko257,0 ko [liste des fichiers]
s390x 77,4 ko181,0 ko [liste des fichiers]