Paquet : sigma-align (1.1.3-6)

alignement de multiples séquences d'ADN non codant

SIGMA (« SImple Greedy Multiple Alignment ») est un logiciel d'alignement. Son algorithme et schéma de notation sont conçus spécialement pour une séquence d'ADN non codant.

Il utilise une stratégie de recherche d'alignements locaux avec le moins d'espacement possible. Ceci se produit à chaque étape, ce qui rend le meilleur alignement possible compatible avec les alignements existants. Il note l'importance de l'alignement sur ​​la base des longueurs des fragments alignés et un modèle de fond. Ceux-ci peuvent être communiqués ou estimés à partir d'un fichier complémentaire de l'ADN intergénique.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Format pris en charge: Texte simple, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

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