Paquet : freecontact (1.0.21-7 et autres)
Liens pour freecontact
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source freecontact :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Laszlo Kajan (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [rostlab.org]
Paquets similaires :
prédicteur rapide de contact de protéine
FreeContact est un prédicteur de contact de résidu de protéine optimisé pour la vitesse. Son entrée est un alignement de séquences multiples. FreeContact peut servir comme un remplaçant accéléré des prédicteurs de contact existants EVfold-mfDCA de DS. Marks (2011) et PSICOV de D. Jones (2011).
FreeContact est accéléré par une combinaison de vecteurs, plusieurs fils d’exécution et une implémentation plus rapide des parties clés. Selon l’alignement, des accélérations de huit fois ou supérieures sont possibles.
Un alignement suffisamment grand est nécessaire pour des résultats significatifs. Comme minimum, un alignement avec un nombre de séquences effectif (après pondération) supérieur à la longueur de la séquence recherchée devrait être utilisé. Des alignements de dizaines de milliers de séquences (effectives) sont considérés comme une bonne entrée.
Par exemple, jackhmmer(1) du paquet hmmer ou hhblits(1) de hhsuite peuvent être utilisés pour générer les alignements.
Ce paquet fournit l’outil en ligne de commande freecontact(1).
Autres paquets associés à freecontact
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- dep: libboost-program-options1.67.0
- bibliothèque d'options de programmes pour C++
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- dep: libc6 (>= 2.17)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libfreecontact0v5
- fast protein contact predictor library
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgomp1 (>= 4.2.1)
- bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: libxerces-c3.2
- validating XML parser library for C++
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- dep: perl
- langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
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- sug: bash-completion
- complétions programmables pour l'interpréteur bash
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- sug: hhsuite
- recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM
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- sug: hmmer
- profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
Télécharger freecontact
| Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
|---|---|---|---|---|
| arm64 | 1.0.21-7+b1 | 307,6 ko | 1 590,0 ko | [liste des fichiers] |