Paquet : clonalframe (1.2-9)
Liens pour clonalframe
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source clonalframe :
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [www.xavierdidelot.xtreemhost.com]
Paquets similaires :
inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus
ClonalFrame identifie les relations clonales entre les membres d'un échantillon et estime la position chromosomale des évènements de recombinaison homologue qui peuvent perturber l'héritage clonal.
ClonalFrame peut être appliqué à n'importe quelle séquence de données, d'un fragment d'ADN à des génomes entiers. Il est performant dans l'analyse de données MLST, où 7 fragments de gène ont été séquencés, et devient progressivement de plus en plus performant à mesure que les régions séquencées augmentent en longueur et nombre jusqu'au génome entier. Il nécessite cependant que les séquences soient alignées. Si les données génomiques ne sont pas alignées, il est recommandé d'utiliser Mauve qui produit un alignement de génomes bactériens entiers au format requis par ClonalFrame pour l'analyse.
Autres paquets associés à clonalframe
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- dep: libc6 (>= 2.17)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libgsl23 (>= 2.5)
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
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- dep: libgslcblas0 (>= 2.4)
- GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- sug: clonalframeml
- inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières
Télécharger clonalframe
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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| arm64 | 44,0 ko | 115,0 ko | [liste des fichiers] |