Paquet : sepp (4.3.10+dfsg-5)
Liens pour sepp
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source sepp :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Andreas Tille (Page QA)
- Pierre Gruet (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models
The tools SEPP and TIPP implementing these methods use ensembles of Hidden Markov Models (HMMs) in different ways, each focusing on a different problem.
SEPP stands for "SATe-enabled Phylogenetic Placement", and addresses the problem of phylogenetic placement of short reads into reference alignments and trees.
TIPP stands for "Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling", and addresses the problem of taxonomic identification and abundance profiling of metagenomic data.
Autres paquets associés à sepp
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- dep: hmmer
- profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
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- dep: libcommons-beanutils-java
- BeanUtils d'Apache Commons –⋅utilitaire pour la manipulation de composants Java
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- dep: libcommons-collections3-java
- Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java
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- dep: libcommons-lang-java
- Commons Lang - an extension of the java.lang package
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- dep: libcommons-logging-java
- interface commune d'enveloppe pour plusieurs API de connexion
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- dep: libgoogle-gson-java
- Converts Java objects into their JSON representation
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- dep: libjenkins-json-java
- Library for transforming Java objects between XML and JSON
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- dep: libjson-java
- library for transforming Java objects and XML to JSON and back again
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- dep: ncbi-blast+
- suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
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- dep: pplacer
- phylogenetic placement and downstream analysis
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- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
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- dep: python3-dendropy
- DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)
Télécharger sepp
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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amd64 | 179,6 ko | 551,0 ko | [liste des fichiers] |