Paquet : pdb2pqr (2.1.1+dfsg-7+deb11u1)

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Paquets similaires :

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Autres paquets associés à pdb2pqr

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (<< 3.10)

dep: python3 (>= 3.9~)
dep: python3-networkx

tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
dep: python3-numpy

gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

sug: apbs

solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

enh: autodocktools

Paquet indisponible

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