Paquet : chip-seq (1.5.5-3)

outils pour des tâches d’analyse des données ordinaires de ChIP-Seq

Le logiciel ChIP-Seq fournit un ensemble d’outils pour des tâches d’analyse de séquençage ChIP pour tout le génome, incluant l’analyse de corrélation de positions, la détection de pics, et la séparation du génome entre des régions riches ou pauvres en signaux. Ces outils existent sous forme de programme C autonomes et réalisent les tâches suivantes :

 1. Analyse de corrélation de positions et création d’un tracé d’agrégation
    (AP) (chipcor) ;
 2. Extraction des caractères d’annotation de génome spécifique autour de
    points d’ancrage de référence (chipextract) ;
 3. Lecture du centrage et du décalage (chipcenter) ;
 4. Appel de pic étroit en utilisant une taille fixe de largeur (chippeak) ;
 5. Appel de pic large utilisé pour de vastes régions d’enrichissement (chippart) ;
 6. Outil de sélection de particularité basé sur un seuil de compte (chipscore).

Parce que les outils de ChIP-Seq sont principalement optimisés pour la rapidité, ils utilisent leur propre format compact pour la représentation des données de ChIP-seq appelé SGA (Simplified Genome Annotation). SGA est un format en texte pur, orienté ligne avec des tabulations comme délimitations.

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