Paquet : sim4db (0~20150903+r2013-8 et autres)

alignement par lot d’épissages de séquences de cDNA pour un génome cible

Sim4db réalise un alignement rapide par lot de grands ensembles de séquences cDNA (EST, mRNA) de régions génomiques d’eucaryotes. Il utilise les algorithmes sim4 et sim4cc pour déterminer les alignements, mais il intègre un mécanisme rapide d’extraction et d’indexation de séquences implémenté dans le paquet frère « leaff », pour traiter rapidement de grandes quantités de séquences.

Bien que sim4db produise des alignements de la même manière que sim4 ou sim4cc, il possède d’autres fonctionnalités pour le rendre plus ouvert à une utilisation pour toutes les tuyauteries d’annotation pour tout le génome. Un fichier de script peut être utilisé pour les appariements de groupes entre des cDNA et leurs régions génomiques à aligner en une seule exécution et en utilisant le même ensemble de paramètres. Facultativement, Sim4db rapporte aussi plus d’un alignement pour le même cDNA à l’intérieur d’une région génomique aussi longtemps qu’ils se conforment à un critère défini par l’utilisateur, tel qu’une longueur minimale, un pourcentage d’identité ou de couverture de séquence. Cette fonction est importante pour trouver tous les alignements d’une famille de gènes à un même locus. Enfin, la sortie est présentée sous forme d’alignements sim4db ou sous forme de caractères de gène GFF3.

Ce paquet fait partie de la suite Kmer.

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