Paquet : segemehl (0.3.4-5)

associations de lectures courtes avec des trous

Segemehl est un logiciel pour associer des lectures courtes de séquençage à des génomes de référence. Segemehl met en œuvre une stratégie d'association basée sur ESA (enhanced suffix array — tableau des suffixes amélioré). Segemehl accepte des requêtes fasta et fastq (compressées avec gzip ou bzip). En plus de l’alignement des lectures à partir des protocoles standard DNA- et RNA-seq, il permet aussi l'association des lectures de séquençage avec bisulfite (Lister et Cokus) et met en œuvre une stratégie d’association de lectures « split ». La sortie de segemehl est un fichier d’alignement au format SAM ou BAM. Dans le cas d'une association « split-read », des fichiers BED supplémentaires sont écrits sur le disque. Ces fichiers BED peuvent être synthétisés avec l’outil de post-traitement haarz. Dans le cas d’alignement de lectures de transformées au bisulfite, les taux de méthylation bruts peuvent aussi être appelés avec haarz.

En résumé, pour chaque suffixe de lecture, segemehl cherche la graine (seed) de plus haut score. Les graines peuvent contenir des insertions, suppressions et écarts (différences). Le nombre de différences permises à l’intérieur d’une graine seule est contrôlé par l’utilisateur et est crucial pour l’exécution du programme. Consécutivement, les graines qui affaiblissent les « E-value » définies par l’utilisateur sont transmises à une procédure d’alignement semi- global précis. Finalement les lectures avec une précision minimale de pourcentage sont rapportées à l’utilisateur.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses

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