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Paquet : r-cran-ape (5.7-1)

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paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

Ce paquet fournit des fonctions pour lire, écrire, tracer et manipuler des arbres phylogénétiques, des analyses de données comparatives dans un environnement phylogénétique, des analyses de caractères ancestraux, des analyses de diversification et macroévolution, pour calculer des distances de séquences d’ARN, pour lire et écrire des séquences de nucléotides, ainsi que l’importation à partir de BioConductor et plusieurs outils tels que le test de Mantel, les tracés de profils d’horizon généralisés (generalized skyline plots), l’exploration graphique de données phylogénétiques (alex, trex, kronoviz), l’estimation de taux évolutionnaires absolus et des arbres similaires à des horloges utilisant les longueurs de chemin moyennes, la vraisemblance pénalisée, des arbres de datation avec des séquences contemporaines, la traduction de séquences d’ADN en séquences AA et l’évaluation d’alignements de séquences. L’estimation phylogénétique peut être faite avec les méthodes NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM et de « triangle » ainsi que plusieurs méthodes gérant les matrices incomplètes de distance (NJ*, BIONJ*, MVR* et la « méthode du triangle » correspondante. Quelques fonctions appellent des applications externes (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) dent les résultats sont renvoyés dans R.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation GNU R, Domaine: Statistiques, Mis en œuvre en: GNU R

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