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Paquet : macs (2.2.7.1-6 et autres)

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analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

MACS modélise empiriquement la longueur des fragments ChIP séquencés, qui tend à être plus courte que les estimations de taille par sonication ou banque de construction, et l'utilise pour améliorer la résolution spatiale de sites de liaison prévisible. MACS utilise aussi une distribution de Poisson dynamique pour capturer efficacement des biais locaux dans la séquence du génome, permettant une prédiction plus sensible et robuste. MACS est tout à fait comparable aux algorithmes existants de recherche de pics dans les ChIP-Seq, est disponible publiquement en open source, et peut être utilisé pour des ChIP-Seq sans ou avec échantillons de contrôle.

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
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arm64 2.2.7.1-6+b1 2 279,6 ko5 570,0 ko [liste des fichiers]
armel 2.2.7.1-6+b1 2 284,0 ko5 194,0 ko [liste des fichiers]
armhf 2.2.7.1-6+b1 2 317,8 ko4 114,0 ko [liste des fichiers]
i386 2.2.7.1-6+b1 2 457,5 ko5 963,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 2.2.7.1-6+b1 2 359,5 ko6 469,0 ko [liste des fichiers]
s390x 2.2.7.1-6+b1 2 227,5 ko5 525,0 ko [liste des fichiers]