Paquet : r-cran-seurat (4.3.0-1)

Liens pour r-cran-seurat

Ressources Debian :

Télécharger le paquet source r-cran-seurat :

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [cran.r-project.org]

Paquets similaires :

Tools for Single Cell Genomics

A toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. 'Seurat' aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcriptomic measurements, and to integrate diverse types of single cell data. See Satija R, Farrell J, Gennert D, et al (2015) <doi:10.1038/nbt.3192>, Macosko E, Basu A, Satija R, et al (2015) <doi:10.1016/j.cell.2015.05.002>, and Butler A and Satija R (2017) <doi:10.1101/164889> for more details.

Autres paquets associés à r-cran-seurat

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.32)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libstdc++6 (>= 11)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: r-api-4.0

paquet virtuel fourni par r-base-core
dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques
dep: r-cran-cluster

paquet GNU R pour l'analyse de grappe, écrit par Rousseeuw et al.
dep: r-cran-cowplot

GNU R streamlined plot theme and plot annotations for 'ggplot2'
dep: r-cran-fitdistrplus

support fit of parametric distribution
dep: r-cran-future

R package: A Future API for R
dep: r-cran-future.apply

apply function to elements in parallel using futures
dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.0)

implementation of the Grammar of Graphics
dep: r-cran-ggrepel

auto-position non-overlapping text labels in plots
dep: r-cran-ggridges

Ridgeline Plots in 'ggplot2'
dep: r-cran-httr

GNU R tools for working with URLs and HTTP
dep: r-cran-ica

Independent Component Analysis
dep: r-cran-igraph

analyse et visualisation de réseau avec GNU R
dep: r-cran-irlba

GNU R fast truncated SVD, PCA and symmetric eigendecomposition
dep: r-cran-jsonlite

Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R
dep: r-cran-kernsmooth

paquet de GNU R pour le lissage et estimation de densité par noyau
dep: r-cran-leiden (>= 0.3.1)

implémentation de GNU R de l’algorithme de groupement Leiden
dep: r-cran-lmtest

paquet de GNU R pour la diagnostic des modèles de régression linéaire
dep: r-cran-mass

paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley
dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0)

paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses
dep: r-cran-matrixstats

GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix
dep: r-cran-miniui

Shiny UI Widgets for Small Screens
dep: r-cran-patchwork

GNU R the composer of plots
dep: r-cran-pbapply

paquet de GNU R fournissant des barres de progression pour des fonctions de R vectorisées
dep: r-cran-plotly (>= 4.9.0)

create interactive web graphics via 'plotly.js' in GNU R
dep: r-cran-png

GNU R package to read and write PNG images
dep: r-cran-progressr

GNU R inclusive, unifying API for progress updates
dep: r-cran-rann

Fast Nearest Neighbour Search Using L2 Metric
dep: r-cran-rcolorbrewer

paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées
dep: r-cran-rcpp (>= 1.0.7)

GNU R package for Seamless R and C++ Integration
dep: r-cran-rcppannoy (>= 0.0.18)

liaisons de Rcpp pour Annoy (recherche des plus proches voisins)
dep: r-cran-rcppeigen

paquet de GNU R pour l’algèbre linéaire de patrons Eigen
dep: r-cran-rcppprogress

interruptible progress bar for C++ in GNU R packages
dep: r-cran-reticulate

R interface to Python modules, classes, and functions
dep: r-cran-rlang

Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features
dep: r-cran-rocr

paquet de GNU R pour préparer et afficher des courbes ROC
dep: r-cran-rtsne

GNU R T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding using a Barnes-Hut
dep: r-cran-scales

Scale functions for visualization
dep: r-cran-scattermore (>= 0.7)

GNU R scatterplots with more points
dep: r-cran-sctransform (>= 0.3.5)

Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data
dep: r-cran-seuratobject (>= 4.1.3)

GNU R data structures for single cell data
dep: r-cran-shiny

GNU R web application framework
dep: r-cran-spatstat.explore

GNU R exploratory data analysis for the 'spatstat' family
dep: r-cran-spatstat.geom

GNU R geometrical functionality of the 'spatstat' package
dep: r-cran-tibble

GNU R Simple Data Frames
dep: r-cran-uwot (>= 0.1.14)

GNU R uniform manifold approximation and projection (UMAP)

rec: r-cran-hdf5r

GNU R interface to the 'HDF5' binary data format
rec: r-cran-testthat

GNU R testsuite

sug: r-bioc-biobase

fonctions de base pour Bioconductor
sug: r-bioc-biocgenerics

generic functions for Bioconductor
sug: r-bioc-deseq2

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis
sug: r-bioc-genomeinfodb

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
sug: r-bioc-genomicranges

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
sug: r-bioc-iranges

conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers
sug: r-bioc-limma

modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)
sug: r-bioc-monocle

clustering, differential expression, and trajectory analysis for RNA-Seq
sug: r-bioc-rtracklayer

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
sug: r-bioc-s4vectors

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
sug: r-bioc-singlecellexperiment

S4 Classes for Single Cell Data
sug: r-bioc-summarizedexperiment

BioConductor assay container
sug: r-cran-ape

paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution
sug: r-cran-data.table

GNU R extension of Data.frame
sug: r-cran-ggrastr

Bioconductor rasterize layers for 'ggplot2'
sug: r-cran-metap

méta-analyse de valeurs de significativité
sug: r-cran-mixtools

GNU R tools for analyzing finite mixture models
sug: r-cran-r.utils

GNU R various programming utilities
sug: r-cran-rsvd

Randomized Singular Value Decomposition
sug: r-cran-vgam

paquet de GNU R pour l’estimation de modèle additif généralisé vectoriel

Télécharger r-cran-seurat

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	2 970,5 ko	3 551,0 ko	[liste des fichiers]