Paquet : exonerate (2.4.0-5)

outil générique pour la comparaison de deux séquences

Le paquet exonerate permet d'aligner des séquences en utilisant de nombreux modèles d'alignement, en utilisant soit de la programmation dynamique exhaustive, soit divers procédés heuristiques. La plupart des fonctionnalités de l'ensemble de la programmation dynamique ont été réécrites en C pour une meilleure efficacité. Le paquet exonerate est un composant intrinsèque de la construction des bases de données du projet Ensembl genome (par le centre de recherche European Bioinformatics Institute pour fournir des données à l'échelle du génome pour des espèces non-vertébrée), fournissant des notes de similitudes entre les séquences ARN et ADN et ainsi des variants d'épissage et les séquences de codage en général.

Un système In-silico PCR Experiment Simulation (voir la page du manuel d'ipcress) est fourni avec le paquet exonerate.

Ce paquet vient aussi avec une sélection d'utilitaires pour la réalisation rapide de manipulations simples avec des fichiers FASTA dépassant 2 Go.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::TODO, use::searching, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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