Paketti: bifrost (1.3.1-1) [debports]

Links for bifrost

Debian-palvelut:

Vikailmoitukset

Imuroi lähdekoodipaketti :

Ei löytynyt

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [github.com]

Samankaltaisia paketteja:

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Muut pakettiin bifrost liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.3)

GCC:n apukirjasto
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi bifrost

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
sparc64 (epävirallinen siirros)	468.5 kt	1,311.0 kt	[tiedostoluettelo]