[ Quellcode: bioperl-run ]
Paket: bioperl-run (1.7.3-11)
Links für bioperl-run
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket bioperl-run herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Charles Plessy (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Étienne Mollier (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [metacpan.org]
Ähnliche Pakete:
BioPerl-Hüllen: Skripte
Enthält Skripte aus dem Paket BioPerl-Run. Dieses Paket installiert auch alle einhüllbaren Anwendungen, für die es Debian-Pakete gibt. Die nicht-freien Pakete werden von diesem Paket vorgeschlagen.
Andere Pakete mit Bezug zu bioperl-run
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- dep: bioperl (>= 1.7.4)
- Perl-Werkzeuge für bioinformatische Anwendungen
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- dep: default-jdk-headless
- Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)
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- dep: libbio-cluster-perl
- BioPerl cluster modules
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- dep: libbio-eutilities-perl
- BioPerl interface to the Entrez Programming Utilities (E-utilities)
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- dep: libbio-featureio-perl
- Modules for reading, writing, and manipulating sequence features
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- dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.3-11)
- BioPerl wrappers: modules
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- dep: libbio-tools-run-remoteblast-perl
- Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP
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- dep: libsoap-lite-perl
- Perl-Implementierung von SOAP für Clients und Server
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- dep: libtest-requiresinternet-perl
- module to easily test network connectivity
-
- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
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- rec: amap-align
- Protein multiple alignment by sequence annealing
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- rec: bwa
- Burrows-Wheeler Aligner
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- rec: exonerate
- Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich
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- rec: kalign
- Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment
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- rec: lagan
- highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner
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- rec: mafft
- Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
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- rec: maq
- Kartiert kurze polymorphe DNA-Sequenzen mit fester Länge auf Referenzsequenzen
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- rec: muscle
- Multiple alignment program of protein sequences
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- rec: ncbi-blast+-legacy
- NCBI Blast legacy call script
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- rec: ncoils
- coiled coil secondary structure prediction
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- rec: pal2nal
- converts proteins to genomic DNA alignment
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- rec: phylip
- package of programs for inferring phylogenies
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- rec: primer3
- tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
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- rec: probalign
- multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
-
- rec: probcons
- PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
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- rec: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
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- rec: sim4
- Werkzeug für Alignments von cDNA mit genomischer DNA
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- rec: t-coffee
- Multiple Sequence Alignment
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- rec: wise
- Vergleich biologischer Polymere, wie DNA- und Protein-Sequenzen
-
- sug: bedtools
- Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale
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- sug: bowtie
- Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
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- sug: clustalw
- Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen
-
- sug: emboss
- Europäische, quelloffene Software-Suite für Molekularbiologie
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- sug: fasta3
- tools for searching collections of biological sequences
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- sug: gmap
- spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads
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- sug: hmmer
- Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse
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- sug: infernal
- Rückschluss auf Alignments der RNA-Sekundärstruktur
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- sug: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl
- Bioperl interface to Clustal W
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- sug: pftools
- build and search protein and DNA generalized profiles
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- sug: phyml
- Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
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- sug: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- sug: tigr-glimmer
- Generkennung in Genomen von Bakterien und Archaebakterien
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- sug: trnascan-se
- detection of transfer RNA genes in genomic sequence
bioperl-run herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| all | 35,3 kB | 89,0 kB | [Liste der Dateien] |