Paket: r-bioc-genomicalignments (1.42.0-2 und andere)

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Externe Ressourcen:

Homepage [bioconductor.org]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

This BioConductor package provides efficient containers for storing and manipulating short genomic alignments (typically obtained by aligning short reads to a reference genome). This includes read counting, computing the coverage, junction detection, and working with the nucleotide content of the alignments.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-genomicalignments

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erweitert

dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

dep: libc6 (>= 2.3) [hppa]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
dep: r-api-3.4 [m68k]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-3.5 [sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-4.0 [nicht m68k, sparc64]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

Paket nicht verfügbar
dep: r-api-bioc-3.20 [nicht hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics
dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

Paket nicht verfügbar
dep: r-base-core (>= 3.4.3-1) [m68k]

GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.3) [m68k, sparc64]

generic functions for Bioconductor

dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0) [nicht m68k, sparc64]
dep: r-bioc-biocparallel

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.37.1) [m68k]

GNU R string objects representing biological sequences

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [sparc64]

dep: r-bioc-biostrings (>= 2.55.7) [nicht m68k, sparc64]
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.13.1)

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.29.14) [m68k]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.33.4) [sparc64]

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.41.5) [hppa, ia64, sh4, x32]

dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.55.3) [nicht hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]
dep: r-bioc-iranges (>= 2.11.16) [m68k]

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

dep: r-bioc-iranges (>= 2.15.12) [sparc64]

dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9) [nicht m68k, sparc64]
dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.21.4) [m68k]

GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2) [nicht m68k]
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.13) [m68k]

BioConductor S4 implementation of vectors and lists

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.19.11) [sparc64]

dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12) [nicht m68k, sparc64]
dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.5.3) [m68k]

BioConductor assay container

dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.9.13) [nicht m68k]

rec: r-bioc-shortread (>= 1.24.0)

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
rec: r-cran-runit

GNU-R-Paket, das ein Programmiergerüst für Komponententests bereitstellt

sug: r-bioc-biocstyle [nicht m68k, sparc64]

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-bioc-bsgenome

BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages
sug: r-bioc-deseq2 [nicht m68k, sparc64]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis
sug: r-bioc-edger [nicht sparc64]

Empirische Analyse von digitalen Genexpressionsdaten mit R
sug: r-bioc-genomicfeatures

GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations
sug: r-bioc-rtracklayer

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
sug: r-bioc-shortread [nicht sparc64]

GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data
sug: r-cran-knitr [nicht hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-runit [nicht sparc64]

GNU-R-Paket, das ein Programmiergerüst für Komponententests bereitstellt

r-bioc-genomicalignments herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.42.0-2	2.109,5 kB	3.453,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.42.0-2	2.110,4 kB	3.397,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.42.0-2	2.109,8 kB	3.453,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.38.2-1	2.092,9 kB	2.965,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.38.2-1	2.095,1 kB	3.004,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.42.0-2	2.110,3 kB	3.453,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	1.14.0-1	1.648,5 kB	2.183,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.42.0-2	2.107,7 kB	3.459,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.42.0-2	2.112,9 kB	3.454,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.42.0-2	2.111,7 kB	3.453,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.42.0-2	2.110,4 kB	3.385,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.42.0-2	2.109,5 kB	3.397,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.38.2-1	2.091,9 kB	2.955,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.18.1-1	2.048,6 kB	2.867,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.34.0-1	2.063,0 kB	2.904,0 kB	[Liste der Dateien]