Paket: velvet (1.2.10+dfsg1-8) [debports]
Links für velvet
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket herunterladen:
Nicht gefundenBetreuer:
Externe Ressourcen:
- Homepage [github.com]
Ähnliche Pakete:
Assembler für Sequenzen von Nukleinsäuren von sehr kleinen Bruchstücken (»short reads«)
Velvet ist ein genomischer De-Novo-Assembler, der speziell für Short-Read-Sequenziertechnologien, wie Solexa oder 454, erstellt wurde. Entwickelt wurde der Assembler von Daniel Zerbino und Ewan Birney am European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), nahe Cambridge, im Vereinigten Königreich.
Derzeit liest Velvet Short-Read-Sequenzen ein, entfernt Fehler und erstellt hochqualitative einzigartige Contigs. Danach werden, falls vorhanden, Paired-Read-Informationen verwendet, um die repetitiven Bereiche zwischen Contigs zu erhalten.
Andere Pakete mit Bezug zu velvet
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
-
- sug: velvet-example
- Example data for the Velvet sequence assembler
velvet herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| ppc64 (inoffizielle Portierung) | 663,5 kB | 1.596,0 kB | [Liste der Dateien] |