Paket: circlator (1.5.6-11)

Links für circlator

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Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [sanger-pathogens.github.io]

circularize genome assemblies

Circlator is a tool to automate assembly circularization for bacterial and small eukaryotic genomes and produce accurate linear representations of circular sequences.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, Rolle: Programm, Wissenschaft: science::calculation, works-with::biological-sequence, Arbeitet mit: Dateien

Andere Pakete mit Bezug zu circlator

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
dep: canu

single molecule sequence assembler for genomes
dep: fastaq

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: mummer

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome
dep: prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: python3-openpyxl

Python 3 module to read/write OpenXML xlsx/xlsm files
dep: python3-packaging

Kern-Dienstprogramme für Python3-Pakete
dep: python3-pymummer

Python 3 interface to MUMmer
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

rec: spades

genome assembler for single-cell and isolates data sets

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