Paket: bowtie2 (2.4.5-1) [debports]

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Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

Bowtie 2 ist ein ultraschnelles und speichersparendes Werkzeug für Alignment zwischen kurzen DNA-Sequenzen (Reads) zu langen Referenzsequenzen. Es ist besonders gut beim Ausrichten von Reads von etwa 50 bis Hunderte oder Tausende Zeichen und besonders gut beim Ausrichten an relativ großen Genomen (z.B. von Säugetieren).

Bowtie 2 indiziert das Genom mit einem FM-Index, um den Speicherbedarf gering zu halten; für das menschliche Genom beträgt der Speicherbedarf etwa 3,2 GB. Bowtie 2 unterstützt Modi für Gaps sowie lokale und »Paired-End«-Alignments.

Andere Pakete mit Bezug zu bowtie2

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.33)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

sug: bowtie2-examples

Examples for bowtie2

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
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