Paket: bifrost (1.3.1-1 und andere)

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Externe Ressourcen:

Homepage [github.com]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Andere Pakete mit Bezug zu bifrost

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, arm64, ia64, loong64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, ia64, riscv64, sparc64]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

bifrost herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.3.1-1	481,4 kB	1.305,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.3.1-1	500,0 kB	1.222,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.3.1-1+b1	486,1 kB	1.175,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.3.1-1	563,5 kB	1.966,0 kB	[Liste der Dateien]
loong64 (inoffizielle Portierung)	1.3.1-1	482,2 kB	1.176,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.3.1-1	462,5 kB	1.326,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.3.1-1	504,8 kB	1.366,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.3.1-1	510,8 kB	1.366,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.3.1-1	505,7 kB	1.006,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.3.1-1	510,2 kB	1.273,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.3.1-1	468,5 kB	1.311,0 kB	[Liste der Dateien]