Paket: bifrost (1.3.1-1)

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parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Andere Pakete mit Bezug zu bifrost

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

bifrost herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
arm64	470,1 kB	1.173,0 kB	[Liste der Dateien]