Paket: bowtie (1.3.1-3 und andere)

Links für bowtie

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Quellcode-Paket bowtie herunterladen:

Betreuer:

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Steffen Moeller (QS-Seite)
Andreas Tille (QS-Seite)
Ognyan Kulev (QS-Seite)
Stephan Struckmann (QS-Seite)
Alexandre Mestiashvili (QS-Seite)

Externe Ressourcen:

Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

Dieses Paket beschäftigt sich mit dem Problem die Resultate der neuesten (2010) DNA-Sequenziertechniken zu interpretieren. Diese Techniken ergeben ziemlich kurze Sequenzen, die nicht direkt interpretiert werden können. Es ist die Aufgabe für Werkzeuge wie Bowtie den chromosomalen Ort (Locus) der kurzen DNA-Sequenzen festzustellen.

Bowtie führt Alignments kurzer DNA-Sequenzen (Reads) mit dem menschlichen Genom durch, mit einer Rate von über 25 Millionen Reads (mit einer Länge von 35 Basenpaaren) pro Stunde. Bowtie indiziert das Genom mit einer Burrows-Wheeler-Transformation, um den Speicherverbrauch gering zu halten; normalerweise etwa 2,2 GB für das menschliche Genom (2,9 GB für »paired- end«).

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Wissenschaft: science::calculation, scope::utility, Zweck: Analyse, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu bowtie

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht arm64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht riscv64]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht arm64]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

sug: bowtie-examples

Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen - Beispiele

bowtie herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.3.1-3	1.588,9 kB	6.845,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.3.1-3+b2	1.286,3 kB	6.738,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.3.1-3	1.370,8 kB	7.889,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.3.1-3	1.510,0 kB	5.365,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.3.1-3	1.530,6 kB	6.969,0 kB	[Liste der Dateien]