Paket: samtools (1.9-4)

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Homepage [www.htslib.org]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Vernetzung: Client, Netzwerk-Protokoll: FTP, protocol::http, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, GUI-Baukasten: Ncurses TUI, Zweck: use::analysing, use::calculating, Filtern, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu samtools

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libc6 (>= 2.7)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libhts2 (>= 1.9)

C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate
dep: libncurses6 (>= 6)

Laufzeitbibliotheken zur Terminalsteuerung
dep: libtinfo6 (>= 6)

Systemnahe terminfo-Laufzeitbibliothek für die Terminalsteuerung
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

rec: cwltool

Common Workflow Language reference implementation
rec: python

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armhf	400,4 kB	785,0 kB	[Liste der Dateien]