Paket: last-align (963-2)
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Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Charles Plessy (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [last.cbrc.jp]
Ähnliche Pakete:
Vergleich biologischer Sequenzen für Genome
LAST ist eine Software für den Vergleich und die Alignierung von Sequenzen, in der Regel DNA- oder Protein-Sequenzen. LAST ähnelt BLAST, kommt jedoch besser mit sehr großen Mengen an Sequenzdaten zurecht. Hier sind zwei Dinge, die LAST gut beherrscht:
* Vergleich großer Genome (z.B. von Säugetieren). * Kartierung viele Sequenz-Markierungen auf einem Genom.
Die wichtigste technische Neuerung ist, dass LAST erste Übereinstimmungen auf der Grundlage ihrer Vielfachheit findet, anstatt eine feste Größe zu verwenden (z.B. verwendet BLAST 10-mere). Dies ermöglicht es, Markierungen (Tags) ohne wiederholte Maskierung (repeat-masking) auf Genome anzuwenden, ohne durch wiederholte Treffer überschüttet zu werden. Um diese Übereinstimmungen variabler Größe zu finden, verwendet es ein von Vmatch inspiriertes Suffix-Array. Um eine hohe Empfindlichkeit zu erreichen, verwendet LAST ein nicht zusammenhängendes Suffix-Array, analog zu »spaced seeds«.
Andere Pakete mit Bezug zu last-align
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- dep: libc6 (>= 2.17)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libstdc++6 (>= 6)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: parallel
- build and execute command lines from standard input in parallel
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Kompressions-Bibliothek - Laufzeit
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- rec: python
- Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python2-Version)
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- rec: python-pil
- Python-Bildbearbeitungsbibliothek (Pillow-Fork)
last-align herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| arm64 | 634,1 kB | 3.139,0 kB | [Liste der Dateien] |