Paket: spades (3.13.1+dfsg-2 und andere)

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Homepage [cab.spbu.ru]

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implementiert in: Python, Benutzer-Schnittstellen: interface::commandline, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, Arbeitet mit: works-with::biological-sequence, works-with::file

Andere Pakete mit Bezug zu spades

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: bamtools

toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: bwa

Burrows-Wheeler Aligner
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

GCC Support-Bibliothek
dep: libgomp1 (>= 6)

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhat-trie0

HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries
dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

Bibliothek für nichtlineare Optimierung
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 9)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
dep: python3-distutils

Distutils-Paket für Python 3.x
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-yaml

Python3-Parser und -Emitter für YAML
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

spades herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	3.13.1+dfsg-2+b2	4.664,7 kB	22.622,0 kB	[Liste der Dateien]