Paket: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 und andere) [non-free]

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Homepage [cufflinks.cbcb.umd.edu]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rolle: Programm, Arbeitet mit: Biologische Sequenz

Andere Pakete mit Bezug zu cufflinks

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

Serialisierungsbibliothek für C++
dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

Portierbares C++-Multi-Threading
dep: libc6 (>= 2.29)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.5)

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: python3

Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

rec: gffread

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

enh: tophat

Paket nicht verfügbar

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Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
mips64el	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1.561,7 kB	15.202,0 kB	[Liste der Dateien]