Paket: exonerate (2.4.0-5)

Generisches Werkzeug zum paarweisen Sequenzvergleich

Mit Exonerate können Sie Sequenzen ab- und vergleichen. Das Programm bietet Ihnen viele Alignment-Modelle, welche entweder vollständig dynamische Programmierung oder eine Reihe von heuristischen Methoden verwenden. Ein Großteil der Funktionalität der »Wise dynamic programming suite« wurde zur Erhöhung der Effizienz in C neu geschrieben. Exonerate ist eine wesentliche Komponente bei der Erstellung der »Ensembl Genome«-Datenbanken, die Ähnlichkeitsmaße für RNA- und DNA-Sequenzen bestimmt und so allgemein »splice variants« und Codesequenzen bestimmt.

Ein »In-silico PCR«-System zur Simulation von Experimenten (Siehe auch das Handbuch von »ipcress«) wird zusammen mit »exonerate« verteilt.

Dieses Paket beinhaltet auch eine Auswahl an Werkzeugen zur Erstellung einfacher, schneller Änderungen an »fasta«-Dateien mit über 2GB Dateigröße.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::TODO, use::searching, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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