Paket: murasaki (1.68.6-13 und andere)

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Quellcode-Paket murasaki herunterladen:

Betreuer:

Externe Ressourcen:

Homepage [murasaki.dna.bio.keio.ac.jp]

homology detection tool across multiple large genomes

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

Andere Pakete mit Bezug zu murasaki

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

Dateisystemoperationen (portable Pfade, Iterationen über Verzeichnisse, usw.) in C++
dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

Boost.Iostreams-Bibliothek
dep: libboost-regex1.74.0-icu72

virtuelles Paket, bereitgestellt durch libboost-regex1.74.0
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

GCC Support-Bibliothek
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
dep: murasaki-common

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

murasaki herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
armel	1.68.6-13+b3	370,9 kB	2.813,0 kB	[Liste der Dateien]