[ Quellcode: prime-phylo ]
Paket: prime-phylo (1.0.11-10)
Links für prime-phylo
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket prime-phylo herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Erik Sjolund (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [prime.sbc.su.se]
Ähnliche Pakete:
bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.
The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.
Andere Pakete mit Bezug zu prime-phylo
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- dep: libblas3
- Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek
- oder libblas.so.3
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- dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)
- C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)
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- dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
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- dep: liblapack3
- Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version
- oder liblapack.so.3
- virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial
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- dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)
- Leistungsstarke Message-Passing-Bibliothek - Laufzeitbibliotheken
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- dep: libstdc++6 (>= 9)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: libxml2 (>= 2.7.4)
- GNOME-XML-Bibliothek
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- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
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- sug: mafft
- Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen
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- sug: mrbayes
- Bayessche Inferenz der Phylogenie
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- sug: muscle
- Multiple alignment program of protein sequences
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- sug: phyml
- Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
-
- sug: probalign
- multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
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- sug: python3-biopython
- Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik
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- sug: raxml
- Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees
-
- sug: treeviewx
- Anzeige und Druck phylogenetischer Bäume
prime-phylo herunterladen
| Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
|---|---|---|---|
| amd64 | 806,5 kB | 3.148,0 kB | [Liste der Dateien] |