Paket: fastlink (4.1P-fix100+dfsg-4)

Schnellere Version der Stammbaum-Programme von Linkage

Genkopplungsanalyse ist ein statistisches Verfahren, das zum Abbilden von Genen und zum Auffinden wahrscheinlicher Positionen von Erbfehlern verwendet wird. Es gab ein Standard-Softwarepaket zur Genkopplung namens LINKAGE. FASTLINK ist eine deutlich veränderte und verbesserte Variante der Hauptprogramme von LINKAGE. Diese laufen sequenziell deutlich schneller, können parallelisiert werden, lassen sich nach einem Computerabsturz elegant wiederherstellen und enthalten reichlich neue Dokumentationen. FASTLINK wurde in über 1000 veröffentlichten Genkopplungsstudien verwendet.

Dieses Paket enthält die folgenden Programme:

 ilink:    Optimierungsprozedur GEMINI, um einen lokal optimalen Wert
           des Theta-Vektors von Rekombinationsanteilen zu bestimmen.
 linkmap:  berechnet die Positionswertung eines Locus gegenüber einer
           Sammlung von anderen Loci.
 lodscore: vergleicht Wahrscheinlichkeiten auf lokal optimalen Theta.
 mlink:    berechnet die LOD-Scores und Risiken mit zwei oder mehreren
           Loci.
 unknown:  identifiziert mögliche Genotypen für unbekannte Personen.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, use::comparing, Unterstützt Formate: Benötige eine zusätzliche Markierung, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

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