Paket: autodock (4.2.6-9)

Analyse der Ligandenbindung von Proteinstrukturen

AutoDock ist ein erstklassiger Vertreter von Programmen zur Simulation einer Bindung relativ kleiner Liganden an verhältnismäßig große Rezeptor-Proteine. In vorhergehenden Versionen waren die Liganden sehr flexibel, während das Protein dagegen sehr starr behandelt wurde. Die aktuelle Version 4 erweitert die Flexibilität auf ausgewählte Seitenketten an der Oberfläche des Proteins, berücksichtigt also auch Rotamere.

AutoDock vollzieht die Bindung des Liganden an einer Auswahl von Gittern, die das Zielprotein beschreiben. AutoGrid berechnet diese Gitter vorab.

Markierungen: Feld: Biologie, Strukturelle Biologie, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::analysing, works-with-format::TODO, Arbeitet mit: 3D-Modell, Benötige eine zusätzliche Markierung

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