Package: tandem-mass (1:201702011-1) [debports]

Massespektrometriprogram for proteinidentifikation

X! Tandem kan matche tandem-massespektre med peptidsekvenser, i en proces, der er almindeligt anvendt til at udføre proteinidentifikation.

Dette program har en meget enkel og ukompliceret programmeringsgrænseflade: Det tager simpelthen en XML-fil med instruktioner på sin kommandolinje, og viser resultaterne i en XML-fil, der er specificeret i den anvendte XML-fil. Resultatfilens format er beskrevet på http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf

I modsætning til nogle tidligere søgemaskiner beregner alle X!-seriens søgemaskiner statistisk tillid (forventningsværdier) for alle de individuelle spektrum-til-sekvens opgaver. De samler også alle peptidopgaverne i et datasæt på de kendte proteinsekvenser og tildeler den statistiske tillid at denne samling og justering ikke er tilfældig. Formlen for dette kan findes her. Derfor er der ikke brug for separate samlings- og statistiske analyseprogrammer, f.eks. PeptideProphet og ProteinProphet.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):