Package: last-align (1542-1 and others) [debports]

Links for last-align

Debian Resources:

Bug Reports

Download Source Package :

Not found

Maintainers:

External Resources:

Homepage [gitlab.com]

Similar packages:

sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala

LAST er programmel til sammenligning og justering af sekvenser, typisk DNA- eller protein-sekvenser. LAST ligner BLAST, men det er bedre til at håndtere meget store mængder af sekvensdata. Her er to ting som LAST er god til:

 * Sammenligning af store (eksempelvis pattedyrs) genomer.
 * Kortlægge masser af sekvens-mærker oven på et genom.

Den primære, tekniske innovation er at LAST finder indledende samstemmende forekomster, baseret på deres mangfoldighed, i stedet for at benytte en fast størrelse (BLAST bruger eksempelvis 10-mers). Dette gør, at man kan kortlægge mærker til genomer, uden gentagelsesmaskering (eng. »repeat- masking«), uden at blive overvældet af gentagne forekomster. For at finde disse forekomster som har forskellige størrelser, så bruger den en suffiks- række (inspireret af Vmatch). For at opnå høj følsomhed, så bruger den en usammenhængende suffiks-række, der er en analog til frø som placeres med mellemrum.

Other Packages Related to last-align

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.38)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

GCC støttebibliotek
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

rec: parallel

Byg og afvikl kommandolinjer fra standardind parallelt
rec: python3-pil

Python Imaging Library - Python3

Download last-align

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
sparc64 (unofficial port)	1542-1+b1	647.0 kB	6,721.0 kB	[list of files]