Package: r-cran-alakazam (1.3.0-1)

Links for r-cran-alakazam

Debian Resources:

Download Source Package r-cran-alakazam:

Maintainers:

External Resources:

Homepage [cran.r-project.org]

Similar packages:

Immunoglobulin Clonal Lineage og Diversity Analysis

Alakazam er en del af Immcantation-analyserammen for Adaptive Immune Receptor Repertoire-sekventering (AIRR-seq) og tilbyder et sæt af værktøjer til at undersøge lymfocytreceptor klonale linjer, diversitet, genbrug og andre repertoire-niveauegenskaber med fokus på høj-gennemløb immunoglobulin -sekventering (Ig).

Alakazam har fem hovedformål:

 * Tilbyder grundlæggende funktionalitet for andre R-pakker i rammen
   Immcantation. Dette inkluderer gængse opgaver såsom fil-I/O,
   grundlæggende DNA-sekvensmanipulering og interaktion med V(D)J-segment
   og genannoationer
 * Tilbyder en R-grænseflade til interaktion med resultatet af pRESTO- og
   Change-O-værktøjspakkerne
 * Udfører afstamningsrekonstruktion på klonale populationer af Ig-
   sekvenser og analyserer topologien af de resulterende afstamningstræer
 * Udførelse af klonal overflods- og diversitetsanalyse på lymfocyt-
   repertoirer
 * Udførelse af fysisk-kemiske egenskabsanalyser af lymfocytreceptor-
   sekvenser

Other Packages Related to r-cran-alakazam

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.11)

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

GCC støttebibliotek
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

GNU Standard C++ bibliotek v3
dep: r-api-4.0

virtual package provided by r-base-core
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0)

GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser
dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0)

Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger
dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2)

GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller
dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)

GNU R AIRR-datarepræsentation - referencebibliotek
dep: r-cran-ape

GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution
dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

GNU R-grammatik for datamanipulering
dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

Implementering af Grammar of Graphics
dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)

GNU R-netværksanalyse og visualisering
dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)

GNU R-pakke til klasser for tætte matricer og matricer med få udfald
dep: r-cran-progress

GNU R - statusbjælker for terminalen
dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

GNU R package for Seamless R and C++ Integration
dep: r-cran-readr

GNU R package to read rectangular text data
dep: r-cran-rlang

Funktioner for basistyper samt Core R- og »Tidyverse«-funktioner
dep: r-cran-scales

Skaler funktioner for visualisering
dep: r-cran-seqinr

GNU R-biologiske sekvenser - indhentelse og analyse
dep: r-cran-stringi

GNU R- faciliteter til behandling af tegnstrenge
dep: r-cran-tibble

GNU R - simple datarammer
dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)

GNU R-pakke til nemt at rydde op i data

sug: r-cran-knitr

GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

GNU R-testpakke

Download r-cran-alakazam

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
s390x	2,360.8 kB	2,845.0 kB	[list of files]