Package: python3-nanoget-examples (1.19.3-1)

Dataeksempler for python3-nanoget - håndtering af Oxford Nanopore-data

Python 3-modulet nanoget tilbyder funktioner til at udtrække nyttige målinger fra Oxford Nanopore-sekventeringslæsninger og sammenligninger.

Data kan præsenteres i de følgende formater, via de følgende funktioner:

 * sorteret bam-fil process_bam(bamfile, threads)
 * fastq-standardfil process_fastq_plain(fastqfile, 'threads')
 * fastq-fil med metadata fra MinKNOW eller Albacore
   process_fastq_rich(fastqfile)
 * sequencing_summary-fil oprettet af Albacore
   process_summary(sequencing_summary.txt, 'readtype')

Fastq-filer kan komprimeres via gzip, bzip2 eller bgzip. Dataene er returneret som en pandas DataFrame med standardiseret teksthovednavne for praktisk udfordring. Funktionerne udfører logning mens de kaldes og udtrækker data.

Denne pakke indeholder alene et eksempel på et skript og dataene til at afvikle eksemplet.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):