Package: python3-treetime (0.5.3-1)

Inferens af tidsstemplede fylogenier og forfædres rekonstruktion - Python 3

TreeTime giver rutiner til genopbygning af forfædresekvenser og maksimal likelihoo-inferens af molekylært ur-fylogenier, dvs. et træ hvor alle grene er skaleret, så placeringen af ​​terminalknudepunkter svarer til deres samplingstider, og interne knuder er placeret ved mest sandsynlige tidspunkt for afvigelse.

TreeTime sigter mod at nå et kompromis mellem sofistikerede sandsynlighedsmodeller for evolution og hurtig heuristik. Det implementerer GTR-modeller af forfædres inferens og optimering af grenlængden, men tager trætopologien som givet. For at optimere sandsynligheden for tidsskaleret fylogenier, treetime bruger en iterativ tilgang, som først inferer forfædresekvenser givet træets grenlængde og optimerer derefter positionerne for ubegrænsede d-noder på tidsaksen og gentages derefter denne cyklus. Den eneste topologioptimering er (valgfri) opløsning på polytomier på en måde, der er mest (cirka) konsistent med prøvetagning af tidsbegrænsninger på træet. Pakken er designet til brug som et selvstændigt værktøj eller som et bibliotek brugt i større fylogenetisk analyse af arbejdsgange.

Funktioner

 * rekonstruktion af forfædresekvens (marginalt og fælles maksimum
   sandsynlighed)
 * inferens af molekylært ur-træ (marginalt og fælles maksimum
   sandsynlighed)
 * inferens af GTR-modeller
 * genstart for at opnå den bedste root-to-tip-regression
 * autokorreleret afslappet molekylært ur (med normalt forudgående)

Denne pakke indeholder Python 3-modulet.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):