Package: wtdbg2 (2.5-7 and others)
Links for wtdbg2
Debian Resources:
Download Source Package wtdbg2:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
De novo-sekvenssamler for lange støjende læsninger
Wtdbg2 er en de novo-sekvenssamler for lange støjende læsninger fremstillet af PacBio eller Oxford Nanopore Technologies (ONT). Den samler rå læsninger uden fejlkorrektion og bygger så konsensus fra mellemliggende samlingsresultat. Wtdbg2 er i stand til at samle det menneskelige og endda 32 Gb Axolotl-genomet med en hastighed ti gange hurtigere end CANU og FALCON, men der fremstilles contig'er med sammenlignelig grundpræcision.
Under samling kan wtdbg2 klippe læsninger op i 1024 bp segmenter, sammenføje ens segmenter i et toppunkt og forbinde toppunkter baseret på segmentnærhed på læsninger. Resultatgrafen kaldes fuzzy Bruijn-graf (FBG). Den svarer til De Bruij-grafen men tillader fejl/huller og bevarer læsningsstier når k'mer'er samles. Brugen af FBG skelner wtdbg2 fra hovedparten af lang-læsnings samlere.
Other Packages Related to wtdbg2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- sug: minimap2
- Alsidig parvis sammenligner for genomiske og opdelte nukleotide sekvenser
-
- sug: mummer
- Effektiv sekvensjustering for hele genomer
-
- sug: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- sug: samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
-
- sug: wtdbg2-examples
- Eksempler for wtdbg - de novo-sekvenssamler
Download wtdbg2
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| i386 | 2.5-7+b1 | 866.7 kB | 5,501.0 kB | [list of files] |