all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: seer  ]

Package: seer (1.1.4-5)

Links for seer

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package seer:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Genomisk sekvenselementberigelsesanalyse (kmer)

Bakteriegener varierer meget, hvad angår både genindhold og gensekvens - denne plasticitet hæmmer brugen af traditionelle SNP-baserede metoder til identifikation af alle genetiske associationer med fænotypiske variation. SEER tilbyder en beregnet skalerbar og bredt gældende statistiskmetode til identifikation af sekvenselementer, der er væsentligt beriget i en fænotype af interesse. SEER gælder for selv titusindvis af genomer ved at tælle variabel-længde k-mers ved hjælp af en distribueret streng-mining algoritme. Robuste indstillinger tilbydes for associationsanalyse, der også korrigerer for klonal populationsstruktur af bakterier. Brug af store samlinger af genomer af det store humane patogen Streptococcus pneumoniae, SEER identificerer relevante tidligere karakteriserede resistensdeterminanter for flere antibiotika.

Other Packages Related to seer

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download seer

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
i386 1,150.8 kB4,829.0 kB [list of files]