Package: samclip (0.4.0-2)

Filtrer SAM-fil for blødt og hårdt klippet sammenligninger

De fleste kort læst sammenlignere udfører lokale sammenligninger af læsninger til referencegenomet. Eksempler inkluderer bwa mem, minimap2 og bowtie2 (med mindre i --end-to-end tilstand). Dette betyder, at slutningerne for læsningen måske ikke er en del af den bedste sammenligning.

Dette kan skyldes:

 * adaptersekvenser (er ikke i referencen)
 * grundlag med dårlig kvalitet (forkerte matchninger gør kun
   sammenligningens bedømmelse værre)
 * strukturel variation i din prøve sammenlignet med referencen
 * læser overlappende starten og slutningen for contig'er (inklusive
   cirkulære genomer)

Læs sammenligners resultat til en SAM-fil. Kolonne 6 i dette format lagrer CIGAR-strengen, der beskriver hvilke dele af læsningen der blev sammenlignet og hvilke der ikke blev. De ikke sammenlignede slutninger for læsningen kan være »blødt« eller »hårdt« klippet, markeret med S og H i hver slutning af CIGARs-strengen. Det er muligt for begge typer at være til stede, men det ses ikke ofte. Blødt og hårdt har ingen biologisk betydning, de refererer bare til om den fulde læsningssekvens er i SAM-filen eller ej.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):