all options
bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: python-nanoget  ]

Package: python3-nanoget (1.12.2-4)

Links for python3-nanoget

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package python-nanoget:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Udtræk information fra Oxford Nanopore-sekventeringsdata og sammenligninger

Python 3-modulet nanoget tilbyder funktioner til at udtrække nyttige målinger fra Oxford Nanopore-sekventeringslæsninger og sammenligninger.

Data kan præsenteres i de følgende formater, via de følgende funktioner:

 * sorteret bam-fil process_bam(bamfile, threads)
 * fastq-standardfil process_fastq_plain(fastqfile, 'threads')
 * fastq-fil med metadata fra MinKNOW eller Albacore
   process_fastq_rich(fastqfile)
 * sequencing_summary-fil oprettet af Albacore
   process_summary(sequencing_summary.txt, 'readtype')

Fastq-filer kan komprimeres via gzip, bzip2 eller bgzip. Dataene er returneret som en pandas DataFrame med standardiseret teksthovednavne for praktisk udfordring. Funktionerne udfører logning mens de kaldes og udtrækker data.

Other Packages Related to python3-nanoget

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download python3-nanoget

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
all 10.4 kB49.0 kB [list of files]