Package: ivar-doc (1.3.1+dfsg-7)

Funktioner brugt bredt for viral amplicon-baseret sekventering - dokumentation

iVar er en beregningspakke, der indeholder funktioner brugt bredt for viral amplicon-baseret sekventering. Yderligere værktøjer for metagenomisk sekventering bliver aktivt indarbejdet i iVar. Mens hver af disse funktioner kan opnås via eksisterende værktøjer, så indeholder iVar en skæring af funktionalitet fra flere værktøjer, der er krævet for at kalde iSNV'er og konsensussekvenser fra virale sekventeringsdata på tværs af flere replikaer. iVar tilbyder de følgende funktioner:

 1. trimning af primere og lavkvalitets baser
 2. konsensuskald
 3. variantkald - både iSNV'er og indsættelser/sletninger
 4. identifikation af forskelle mellem to primersekvenser og ekskludering
    af de tilsvarende læsninger fra sammenligningsfiler

Denne pakke indeholder html-dokumentationen for ivar.

This page is also available in the following languages (How to set the default document language):