Пакет: stringtie (2.2.1+ds-3 и други) [debports]

Връзки за stringtie

Ресурси за Debian:

Доклади за грешки

Изтегляне на пакет-източник .

Няма съвпадения

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [ccb.jhu.edu]

Подобни пакети:

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Други пакети, свързани с stringtie

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6.1 (>= 2.37)

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

GCC support library
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

GNU Standard C++ Library v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

rec: stringtie-examples

Пакетът не е наличен

sug: cufflinks

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Изтегляне на stringtie

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
ia64 (неофициална архитектура)	2.2.1+ds-3+b1	504,8 кБ	2 359,0 кБ	[списък на файловете]